Khu vực Tây Nguyên bao gồm văn phòng dự án tại Đắk Lắk, tập trung triển khai các hoạt động liên quan tới phòng chống sốt rét, sốt xuất huyết và lao trong nhóm dân cư khó tiếp cận tại địa bàn, đóng góp vào mục tiêu hướng tới loại trừ sốt rét tại Việt Nam vào năm 2030 và chấm dứt lao vào năm 2035.

Khu vực Tây Nguyên là địa bàn trọng tâm trong triển khai các hoạt động sàng lọc lao chủ động, hoạt động liên dự án về chăm sóc sức khỏe toàn diện và tiếp cận dịch vụ y tế công, nâng cao khả năng tiếp cận giáo dục và đào tạo nghề và các hoạt động giảm thiểu tác động trong quá trình phát triển của con người tới thiên nhiên.